בפרשת משפטים מוזכרים לראשונה לוחות הברית: "וַיֹּ֨אמֶר ה' אֶל־מֹשֶׁ֗ה עֲלֵ֥ה אֵלַ֛י הָהָ֖רָה וֶהְיֵה־שָׁ֑ם וְאֶתְּנָ֨ה לְךָ֜ אֶת לֻחֹ֣ת הָאֶ֗בֶן וְהַתּוֹרָה֙ וְהַמִּצְוָ֔ה אֲשֶׁ֥ר כָּתַ֖בְתִּי לְהוֹרֹתָֽם" (שמות כד,יב).

רש"י מסביר שם: "כָּל שֵׁשׁ מֵאוֹת וּשְׁלֹשׁ עֶשְׂרֵה מִצְווֹת בִּכְלַל עֲשֶׂרֶת הַדִּבְּרוֹת הֵן, וְרַבֵּנוּ סְעַדְיָה פֵּרֵשׁ בָּאַזְהָרוֹת שֶׁיָּסַד לְכָל דִּבּוּר וְדִבּוּר מִצְווֹת הַתְּלוּיוֹת בּוֹ". עשרת הדיברות כוללים בתוכם את כל מצוות התורה, כי כל אחד מהדיברות הוא כותרת למצוות רבות השייכות אליו.

בפרשת תרומה נאמר: "וְנָתַתָּ֖ אֶל הָאָרֹ֑ן אֵ֚ת הָעֵדֻ֔ת אֲשֶׁ֥ר אֶתֵּ֖ן אֵלֶֽיך" (שמות כה, טז). רש"י מסביר שם: "הַתּוֹרָה, שֶׁהִיא לְעֵדוּת בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם שֶׁצִּוִּיתִי אֶתְכֶם מִצְווֹת הַכְּתוּבוֹת בָּהּ". הרי שבארון עצמו צריך לשים את ספר התורה כולו.

בפרשת כי תשא נאמר: "וַיִּתֵּ֣ן אֶל־מֹשֶׁ֗ה כְּכַלֹּתוֹ֙ לְדַבֵּ֤ר אִתּוֹ֙ בְּהַ֣ר סִינַ֔י שְׁנֵ֖י לֻחֹ֣ת הָעֵדֻ֑ת לֻחֹ֣ת אֶ֔בֶן כְּתֻבִ֖ים בְּאֶצְבַּ֥ע אֱלֹהִֽים" (שמות לא, יח). רש"י מסביר: "ככלתו. ככלתו כְּתִיב – חָסֵר – שֶׁנִּמְסְרָה לוֹ תּוֹרָה בְּמַתָּנָה כְּכַלָּה לֶחָתָן, שֶׁלֹּא הָיָה יָכוֹל לִלְמֹד כֻּלָּהּ בִּזְמַן מֻעָט כָּזֶה". הרי שהתורה ניתנה למשה יחד עם הלוחות, אולם תורה זו היא רק עד פרשת משפטים.

בפשטות נראה שמשה רבנו ירד מהר סיני גם עם ספר התורה שניתן לו על ההר.

בפרשת פקודי, כאשר משה רבנו מקים את המשכן ושם בתוכו את הכלים נאמר: "וַיִּקַּ֞ח וַיִּתֵּ֤ן אֶת הָעֵדֻת֙ אֶל הָ֣אָרֹ֔ן וַיָּ֥שֶׂם אֶת הַבַּדִּ֖ים עַל הָאָרֹ֑ן וַיִּתֵּ֧ן אֶת הַכַּפֹּ֛רֶת עַל־הָאָרֹ֖ן מִלְמָֽעְלָה" (שמות מב, כ). רש"י מסביר: "את העדת. הַלּוּחוֹת." על פי זה, בארון שהיה בבית המקדש היו רק הלוחות, ואילו ספר התורה לא היה שם.

מפרשי רש"י עסקו בשאלת הסתירה שיש בין הפסוק בפרשת תרומה לפסוק בפרשת פקודי. המהר"ל מסביר שיש קושי בביטוי "את העדות אשר אתן אליך" – שהרי את הלוחות הראשונים שנתן לו ה' הוא שבר ואילו הלוחות השניים נכתבו על לוחות שעשה משה. ואם תאמר שמדובר על שברי הלוחות שהיו מונחים גם הם בארון, אין הם יכולים להיות עדות בעצמם, שהרי אי אפשר לדעת מה היה כתוב בהן. עוד מוסיף המהר"ל ואומר שבפרשת תרומה מדובר על נתינה עתידית והכוונה היא לתורה כולה, אשר כתיבתה הושלמה רק בסוף ספר דברים. ואילו בפרשת פקודי נאמר בלשון הווה, תיאור של אירוע ממשי. בזמן הזה עדיין אי אפשר לשים בארון את התורה כולה, אלא רק את הלוחות (עיינו עוד ברא"ם ובלבוש אורה ושפתי חכמים ועוד).

מדוע בתחילה נאמר "לוחות האבן והתורה והמצוה", ולאחר מכן נאמר "עדות", על הר סיני נאמר "שני לוחות העדות", ובבניית המשכן נאמר רק "עדות" וגם הארון נקרא "ארון העדות"?

רש"י מסביר שהעדות היא "לְעֵדוּת בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם" – הקשר המיוחד בין עם ישראל לקב"ה בא לידי ביטוי בכך שדווקא עם ישראל מקבל תורה ומצוות. במובן זה אין הבדל בין הלוחות ובין התורה כולה, שהרי הלוחות הם הבסיס של כל מצוות התורה.

לכאורה, מתאים היה לשים את הלוחות במקום שעם ישראל כולו יוכל לראותן ולקבל מהן השראה, כפי שמצוי בבתי כנסת רבים, שבהם הלוחות מצוירות על ארון הקודש. מדוע אם כן הלוחות נמצאים בארון שאף לא רואה מה יש בו ובקודש הקודשים, מקום שהכהן הגדול נכנס אליו פעם אחת בשנה? מדוע הלוחות נמצאים במקום המוסתר ביותר?

המשכן הוא המקום המבטא בצורה המובהקת ביותר את תפקידו המיוחד של עם ישראל באנושות – לגלות את הקדושה האלקית בעולם. כאשר הלוחות נמצאים במקום מיוחד זה, אנו מבינים כיצד התורה והמשכן משלימים זה את זה. התורה היא דרך החיים המגלה את הקדושה האלוקית, ואילו המשכן הוא המקום שבו מתגלה קדושה זו, וממנה לעולם כולו.

כאשר הלוחות ניתנים למשה, לפני בניית המשכן, הם נקראים 'לחות אבן', שעליהם נכתבים עשרת הדיברות, המבטאים את כל מצוות התורה (כפי שהסביר רש"י). כאשר משה מקבל את הלוחות בהר סיני, יש ללוחות שתי משמעויות, הם לוחות שעליהם כתובים עשרת הדיברות, והם גם עדות לקשר המיוחד בין עם ישראל לקב"ה. לעומת זאת, במשכן עצמו יש ללוחות רק מטרה אחת – "עדות" לקשר המיוחד בין עם ישראל לה'. זאת משום שאת מה שכתוב בהן ובכל התורה כולה אנו לומדים מספר התורה ולא מלוחות העדות, הנמצאים בארון העדות קודש הקודשים.

על הפסוק "חרות על הלוחות" דורשים חכמים "אל תקרי חרות אלא חירות – אין לך בין חורין אלא מי שעוסק בתורה."

הלוחות המקוריים הנמצאים בתוך הארון, מבטאים את הרצון הפנימי, הכמוס, הקיים בכל יהודי – להתחבר אל התורה. זהו התוכן הפנימי החרות בליבו של כל יהודי. לכן, כשאנו לומדים את התורה באופן מודע, אנו מגלים בעצם את הרצון הפנימי שלנו, כי זוהי החירות האמיתית – כאשר האדם מגלה את הטבע הפנימי הכמוס בנשמתו.

זהו החיבור בין ספר התורה שנמצא בכל בית כנסת ובו אנו לומדים את התורה ובין לוחות הברית, יחד עם ספר התורה המיוחד הנמצא בתוך ארון הברית בקודש הקודשים.